很多人在討論SEO的優勢時會提到，SEO是免費的。其實SEO并不免費，也是要付出成本的。這里所說的成本不是指使用其他公司來優化網站的服務費用。就算你的網站不用任何外部服務，也不買任何軟件，完全自己動手優化，也還是要付出成本的。有時這個成本還很高。
人力成本最顯而易見的是人力成本。網站本身一般來說只要大規模優化一次，以后再小幅度修改即可，這部分的人力成本也許可以算入技術*。但是外部鏈接建設、網站流量的跟蹤、SEO策略更正、發現熱點建設專題內容、遇到問題時分析尋找原因等這些工作，都不是一次性的，需要常年進行，這就必然需要有專門的SEO人員。對上些大網站來說，可能還需要一個SEO團隊，工資等到人力成本往往比外部服務費還要高很多。
機會成本
另一個不容易直接看到的是時間及機會成本。通過SEO做流量是需要一段時間的，尤其是新網站。不要指望幾個月內有很好的流量，對SEO的預期效果至少要放在半年到一年之后。但網上機會稍縱即逝，某些當紅類型的網站要想迅速占領市場，靠SEO推廣是不現實的。等到過了半年一年，早就過這個村沒這個店了。想象一下推廣諸如凡客成品、開心網這類網站，SEO根本就不是一個選項。等到你通過SEO做出一定流量，競爭對手早就占領市場和用戶的頭腦了。
所以SEO只適用于那些耗得起時間的網站，半年到一年之后，市場不到于出現驚人的變化。
最終是否有效果也是SEO的一個風險。搜索引擎不是我們開的，誰也沒法百分之百確保做了SEO，就一定能有排名和流量。再歷害的SEO也不能百分之百肯定。相信一些網站有這樣的經驗，花了時間、人力、精力、服務費，卻沒有什么效果。
這與PPC是不同的，PPC只要花錢就一定有流量，SEO做了卻沒有效果是經常發生的。在這種情況下，使用PPC、網絡廣告、事件營銷、口碑傳播等要比SEO劃算得多。
就算通過SEO得到了很好的流量，也可能導致過度依靠搜索引擎流量的風險。我看過一些網站，搜索流量占到總流量的80%-90%甚至更高。這一方面說明SEO作是不錯，另一方面也意味著很大的潛在威脅。一旦搜索引擎改變算法，哪怕并不是針對你的網站有任何時候懲罰，也可能造成流量急劇下降甚至消失。如果沒有點擊流量和直接訪問流量作為平衡，很可能對網站是一個致命性的打擊。SEO做是好的公司和站長，還必須花費更多我精力去開拓流量來源，千萬不可過度依賴搜索流量。
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